メカトロニクス基礎研究所は、大学付置研究所として運営されています。所長が組織の責任者として運営委員会の議長を務め、 運営委員会の議決に従って実際の運営にあたっています。運営委員会のもとに各種専門委員会を置くことができますが、 運営に関する意見を交換し実行する場として運営専門委員会が置かれています。

本研究所は目的別に、「共同研究」と「共同利用」の２つに分類され、さらにこれらは、下記の5つの部門で構成されています。

　　　　　　・機械工学基礎部門
　　　　　　・計測制御・ロボティクス部門
　　　　　　・バイオエンジニアリング部門
　　　　　　・電気・電子・情報部門
　　　　　　・エネルギー・環境工学部門

共同研究と共同利用では、装置の利用形態が異なっています。共同研究に属している装置は、一般的に特定の分野の研究に向くように 開発されるかまたは改良された装置が主であり、操作を行う場合には知識と経験が必要となります。共同研究の研究課題は、 運営委員会で諮られ採択されます。一方、共同利用に属している装置は、主に一般的に使用することができる装置です。 共同利用の装置を利用したい場合には、運営委員会の承認で許可されます。 このような共同研究および共同利用者を支援するために、所長のもとに研究所事務室があり、日常的な事務処理をはじめ、 共同利用装置の管理等も行っています。

　　　＜メンバー＞
　　　　　所長　　　　　入部 正継
　　　　　運営委員　　　井岡 誠司　（機械工学基礎部門 部門長）
　　　　　　　　　　　　登尾 啓史　（計測制御・ロボティクス部門 部門長）
　　　　　　　　　　　　藤川 智彦　（バイオエンジニアリング部門 部門長）
　　　　　　　　　　　　渡邊 俊彦　（電気・電子・情報部門 部門長）
　　　　　　　　　　　　中田 亮生　（エネルギー・環境工学部門 部門長）
　　　　　　　　　　　　安江 常夫　（エレクトロニクス基礎研究所 所長）
　　　　　　　　　　　　溝井 浩　　（共通教育機構 数理科学教育研究センター）
　　　　　　　　　　　　柴垣 佳明　（情報通信工学部 通信工学科）
　　　　　　　　　　　　渡邊 郁　　（総合情報学部 情報学科）
　　　　　　　　　　　　中村 英夫　（医療健康科学部 健康スポーツ科学科）
　　　　　　　　　　　　小森 政嗣　（情報通信工学科 情報工学科）
　　　　　研究員　　　　-------->　　右欄に掲載　
　　　　　事務室長　　　荻野 純哉
　　　　　事務室担当　　小原 喜人